freee 確定申告 やり方【2026年版】副業会社員の手順5ステップ

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そう感じている副業会社員の方に向けて、この記事を書きました。

副業会社員がfreeeで確定申告をするとき、最も見落としやすいのが住民税の納付方法の設定です。ここを間違えると副業分の住民税が会社に通知されるケースがあるため、この記事では特に詳しく解説します。

簿記2級・FP2級保有者が、副業会社員の実態に合わせて確定申告の全手順と注意点を正直に整理します。

なお、この記事で解説するのはfreee会計での確定申告手順です。freeeの初期設定・基本的な使い方については別記事で解説しています。

この記事では以下については解説していません。

• 確定申告の基本的な仕組み（別記事で解説しています）
• freeeの初期設定・使い方全般（別記事で解説しています）
• freeeの料金・プラン（別記事で解説しています）
• 3ソフトの詳細比較（別記事で解説しています）

freeeの初期設定から申告まで5ステップで解説した「freeeの使い方」はこちら

副業の確定申告が必要かどうか・基本的な流れを知りたい方はこちら

※ 画面仕様・操作手順はアップデートにより変更される可能性があります。この記事は執筆時点（2026年4月）の情報をもとにしています。最新情報は必ずfreee公式サイトでご確認ください。

結論｜freeeで副業会社員の確定申告は完結できます

freee確定申告まとめ【結論】

• freeeで副業会社員の確定申告は完結できます
• 申告手順は①収支確認→②源泉徴収票入力→③各種控除入力→④住民税設定→⑤e-Tax提出の流れです
• 住民税の普通徴収設定は副業会社員にとって最重要の確認ポイント：設定を忘れると副業分の住民税が会社に通知されるケースがあります
• 申告期限は原則3月15日（土日祝の場合は翌営業日）
• 申告期限を過ぎた場合でも、期限後申告として提出できるケースがあります
• PCで申告する場合でもスマホでマイナンバーカードを認証するため、スマホアプリの事前インストールを推奨します

※ 画面仕様・手順は執筆時点（2026年4月）のものです。最新情報はfreee公式サイトでご確認ください。

freeeならこの5ステップどおりに確定申告まで進められます。画面を確認しながら進めたい方は、無料トライアルで実際の操作を確認できます。

freeeで確定申告する手順【全体像・5ステップ】

freeeで確定申告をする手順とは、日常の収支入力から始まり、源泉徴収票・各種控除・住民税設定を経てe-Tax提出まで完結する一連の作業のことです。

日常入力が済んでいる場合、1〜2時間程度で完了するケースもあります（執筆時点）。全体の流れを把握してから進めることで、迷わず申告を完結できます。

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freee確定申告の全体像（5ステップ）

STEP	内容	難易度	特に注意
STEP1	収支データの確認・整理	★☆☆	日常入力が済んでいれば自動反映
STEP2	源泉徴収票の入力	★★☆	スマホ撮影での自動入力機能あり
STEP3	各種控除の入力	★★☆	書類の事前準備がポイント
STEP4	住民税の納付方法設定	★★★	副業会社員は必須確認
STEP5	内容確認・e-Tax提出・納付	★★☆	マイナンバーカードを事前準備

※ 難易度はあくまで目安です。手順・画面構成は執筆時点（2026年4月）のものです。アップデートにより変更される可能性があります。

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事前に用意しておくもの

申告の前に以下を手元に準備しておくと、スムーズに進められます。

• 本業の源泉徴収票（年末に会社から受け取る書類）
• 副業の収入・経費の記録（freeeに日常入力済みであれば自動反映されるケースがある）
• 各種控除に関する書類（医療費の領収書・生命保険料控除証明書など）
• マイナンバーカード（e-Tax提出時に必要）

※ 必要なものは申告内容によって異なります。最新情報はfreee公式サイトでご確認ください。

STEP1 収支データの確認・整理

収支データの確認とは、確定申告書を作成する前に、副業の収入と経費がfreeeに正しく登録されているかを確認する作業のことです。

日常の収支入力が整っていれば、確定申告書の大部分がfreeeで自動生成されます。まず現在の入力状況を確認することからスタートします。

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日常入力が済んでいる場合

• freeeの確定申告メニューから申告書作成に進む流れになっています
• 日常的に入力した収入・経費が自動反映されます
• 内容を確認・修正してから次のステップへ進むことを推奨します

※ 画面構成・手順は執筆時点（2026年4月）のものです。最新情報はfreee公式サイトでご確認ください

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日常入力が済んでいない場合

• 収入・経費を遡って入力する必要があります
• 銀行連携がある場合は過去の明細を一定期間分取得できるケースがあります（期間は金融機関によって異なります）
• 領収書・請求書・振込明細をもとに入力することを推奨します

※ 遡り入力は時間がかかるため、申告期限に余裕をもって始めることを推奨します

freeeの初期設定から収支入力の流れを知りたい方はこちら

STEP2 源泉徴収票の入力方法

源泉徴収票の入力とは、本業の会社から受け取った年収・税額データをfreeeに転記する作業のことです。年末調整済みの源泉徴収票でも入力が必要なケースがあります。

副業会社員が確定申告をする際、源泉徴収票の入力は「数字の読み間違い・入力ミス」が起こりやすいステップです。freeeにはスマホ撮影で自動入力できる機能があり、手入力の手間を省けるだけでなく、数字の読み間違いによる入力ミスも防げます。

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スマホ撮影での自動入力機能（執筆時点）

• freeeのスマホアプリで源泉徴収票を撮影することで、内容を自動で読み取る機能があります
• 手入力の手間を省けるだけでなく、数字の読み間違いによる入力ミスも防げます
• 読み取り後に修正もできるため、完全に一致しない場合でも手動で調整できます
• 撮影後は内容を確認・修正してから次のステップへ進むことを推奨します

※ 撮影機能の仕様・精度はアップデートにより変更される可能性があります。最新情報はfreee公式サイトでご確認ください

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源泉徴収票から入力する主な項目（執筆時点）

年末調整済みの源泉徴収票でも入力が必要なケースがあります。以下の項目を手元の源泉徴収票で確認してから入力を進めることをおすすめします。

• 支払金額（総支給額）：源泉徴収票の左上にある最も大きい金額が支払金額にあたるケースが多いです。税引き前の総支給額です
• 給与所得控除後の金額
• 所得控除の額の合計額
• 源泉徴収税額
• 各種控除額（社会保険料・生命保険料など記載がある場合）

※ 入力項目は画面構成・申告内容によって異なります。freeeの案内に沿って入力することを推奨します。

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源泉徴収票の入力でつまずきやすいポイント

「支払金額」と「給与所得控除後の金額」の区別がわからないケース

freeeの入力欄のヘルプを参照することを推奨します。「支払金額」は税引き前の総支給額、「給与所得控除後の金額」は一定額を差し引いた後の金額です。

複数の勤務先がある場合

それぞれの勤務先から源泉徴収票を受け取り、それぞれ入力する必要があります。

源泉徴収票を紛失した場合

勤務先に再発行を依頼できるケースがあります。再発行の対応が不明な場合は税務署への確認を推奨します。

STEP3 各種控除の入力方法（概要）

各種控除の入力とは、医療費・生命保険料・iDeCoの掛金など、税額を減らすために認められた金額をfreeeに入力する作業のことです。副業会社員の場合は、生命保険料控除・iDeCo・ふるさと納税の3つを確認するケースが多いです。

控除の入力漏れは申告後に発覚しても修正申告が必要になるケースがあります。事前に書類を揃えてから作業を始めることが確定申告をスムーズに完了させるポイントです。

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主な控除の種類と入力の概要（執筆時点）

• 医療費控除：1年間の医療費が10万円を超えるケースで適用できる可能性があります。領収書の合計額を入力する流れになっています
• 生命保険料控除：保険会社から届く控除証明書の金額を入力します
• 社会保険料控除：源泉徴収票に記載がある場合は自動反映されます。国民健康保険などを自分で支払っている場合は別途入力が必要なケースがあります
• 小規模企業共済等掛金控除：iDeCo（個人型確定拠出年金）の掛金が対象になるケースがあります

※ 各控除の適用条件・入力方法は個人の状況によって異なります。詳細はfreeeのヘルプまたは税務署へ確認することを推奨します。

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控除の入力で漏れやすいポイント

iDeCoの掛金控除を忘れるケース

証明書（小規模企業共済等掛金払込証明書）を手元に用意しておくことを推奨します。iDeCoを利用している場合は必ず確認してください。

ふるさと納税のワンストップ特例利用者が確定申告する場合

ふるさと納税のワンストップ特例を利用している場合でも、確定申告をすると特例は無効になります。確定申告書に寄付金控除を改めて入力する必要があります。ワンストップ特例の申請書を提出していても、副業で確定申告が必要になった場合は必ずこの点を確認してください。

STEP4 住民税の普通徴収設定【副業会社員は必須確認】

住民税の普通徴収設定とは、副業分の住民税を会社の給与天引きではなく自分で納付するよう切り替える設定のことです。

副業会社員がfreeeで確定申告をする際、最も見落としやすく・最もリスクが高い設定がここです。設定を忘れると副業分の住民税が会社に通知されるケースがあるため、このステップは特に慎重に確認してください。

（図解挿入予定：住民税の普通徴収選択箇所の画面イメージ）

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なぜ住民税の設定が重要か

• 会社員の住民税は通常、会社の給与から天引きされます（特別徴収）
• 副業の所得が確定申告で申告されると、副業分の住民税が会社に通知されるケースがあります
• 副業分の住民税を「普通徴収（自分で納付）」に切り替えることで、会社への通知を回避できる可能性があります
  ※ 自治体によって普通徴収への切り替えに対応していないケースもあります
• なお、給与所得と副業所得の状況によっては、普通徴収を選択しても特別徴収になるケースがあります

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freeeでの住民税設定の流れ（執筆時点）

• 確定申告書作成の「住民税・事業税に関する事項」という項目で設定する流れになっています
• 副業分の住民税を「普通徴収」として選択する必要があります

※ 画面構成・設定箇所はアップデートにより変更される可能性があります。最新情報はfreee公式サイトでご確認ください

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設定を忘れた・間違えた場合のリスク

• 「特別徴収」のままだと副業分の住民税が会社に通知されるケースがあります
• 「絶対にバレない」とは言い切れないため、詳細は個別記事を参照してください

確定申告書作成の最終確認で「住民税・事業税に関する事項」を必ず確認してください

会社に副業がバレないための「住民税の普通徴収切り替え手順」を詳しく知りたい方はこちら

STEP5 e-Taxで申告・納付

e-Taxとは、確定申告書をインターネットで税務署に送信する電子申告の仕組みです。

freeeからそのままe-Taxの提出手続きに進めます。別のソフトや書類を用意する必要はありません。PCで申告する場合でも、マイナンバーカード認証のためにスマホを使用するケースが多いです。スマホをカードリーダーとして代用できるため、専用カードリーダーの購入は不要な場合があります。

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e-Tax提出の流れ（執筆時点）

• freeeのメニューからe-Taxでの提出手続きに進む流れになっています
• マイナンバーカードを使って本人確認を行います
• PCで申告する場合でも、マイナンバーカード認証のためにスマホを使用するケースが多いです。スマホをカードリーダーとして代用できるため、専用カードリーダーの購入は不要な場合があります
• 提出後は受付結果が画面に表示されます

※ 画面構成・手順はアップデートにより変更される可能性があります。最新情報はfreee公式サイトでご確認ください

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納付方法

• 申告後、税額に応じた納付が必要な場合があります
• 口座振替・クレジットカード・コンビニ納付・電子納付など複数の方法があります

※ 納付方法・手順は変更される可能性があります。最新情報は国税庁・freee公式サイトでご確認ください

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STEP5でつまずきやすいポイント

マイナンバーカードのパスワード忘れ（特に注意）

マイナンバーカードには「数字4桁のパスワード（利用者証明用）」と「英数字6文字以上のパスワード（署名用）」の2種類があります。パスワードを連続で間違えるとロックされ、市区町村の窓口でのロック解除が必要になります。申告前に必ずパスワードを手元で確認しておくことを強く推奨します。

スマホのブラウザ・対応機種の確認

スマホをカードリーダーとして使う場合、対応機種・OSの確認が必要なケースがあります。またLINEやアプリ内ブラウザでは認証が正常に動作しないケースがあるため、SafariまたはChromeなど標準ブラウザでの操作を推奨します。freee公式サイトで動作環境を事前に確認することを推奨します。

提出後もfreee上で申告内容を確認できるケースがあります。

白色申告と青色申告の違い（概要）

白色申告と青色申告とは、確定申告の記帳・申告方式の違いのことで、事前手続きの要否と節税メリットの大きさが主な違いです。

副業会社員が「どちらで申告すべきか」に迷うケースが多いため、概要を整理します。どちらもfreeeで対応できます。

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主な違いの比較表

比較項目	白色申告	青色申告
事前手続き	不要	開業届・青色申告承認申請書が必要
節税メリット	なし	最大65万円の特別控除あり（電子申告・複式簿記など一定条件を満たす場合）
記帳の難易度	比較的シンプル	複式簿記が必要なケースがある
freeeでの対応	対応	対応

※ 節税メリットの金額・条件は変更される可能性があります。

📎 出典：国税庁「青色申告特別控除」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/2072.htm

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副業会社員への判断基準

• 副業を始めたばかり・まず申告を完了させることが優先 → 白色申告から始めるのが現実的なケースが多い
• 副業収入が安定してきた・節税効果を高めたい → 青色申告を検討する価値がある
• freeeでは開業届や青色申告承認申請書の作成に対応しています（freee開業）

※ 所得区分（雑所得・事業所得）によって青色申告の適用可否が異なります。不明な場合は税務署へ確認することを推奨します

申告期限と納付方法

申告期限とは、その年の所得に対する申告書を提出しなければならない最終日のことです。

期限を過ぎると延滞税や加算税が発生するケースがあります。ただし申告期限を過ぎた場合でも、期限後申告として提出できるケースがあります。延滞税・無申告加算税が発生するケースがあるため、気づいた時点で早めに対応することを推奨します。freeeのe-Tax提出であれば郵送・持参不要で対応できます。

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申告期限

• 所得税の確定申告期限：原則3月15日（土日祝の場合は翌営業日）
• 申告期限を過ぎると延滞税・加算税が発生するケースがあるため早めの申告を推奨します
• 申告期限を過ぎた場合でも、期限後申告として提出できるケースがあります
• freeeでのe-Tax提出は期限内外を問わず24時間対応できます
• ※ 申告期限は変更される可能性があります。最新情報は国税庁でご確認ください

📎 出典：国税庁「確定申告期限について」 https://www.nta.go.jp/taxes/nozei/nofu/24200042/noufu_kigen.htm

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納付方法

• 口座振替・クレジットカード・コンビニ納付・電子納付など複数の方法があります

※ 納付方法・手順は変更される可能性があります。最新情報は国税庁・freee公式サイトでご確認ください

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申告期限が近い・過ぎている場合の対処

• freeeのe-Tax提出であれば郵送・持参不要で提出できます
• マイナンバーカードのパスワードは申告前に必ず確認しておくことを強く推奨します（ロックされると窓口解除が必要になります）

freeeで確定申告できる所得の種類

freeeで申告できる所得とは、事業所得・雑所得・給与所得などfreeeが対応している所得区分のことです。

「自分はfreeeで申告できるのか」と疑問に感じている方に向けて、対象となる所得の種類を整理します。

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freeeで申告できる主な所得の種類

• 事業所得：副業が事業規模の場合
• 雑所得：副業が事業規模に満たない場合（アフィリエイト・フリーランス収入など）
• 給与所得：本業の給与。副業との合算申告に使用

※ 所得区分の判断は個別の状況によって異なります。不明な場合は税務署へご確認ください。

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副業所得と申告の要否

• 副業の所得が年間20万円を超えるケースでは所得税の確定申告が必要になります
• 所得税の確定申告が不要な場合でも、住民税の申告が別途必要になるケースがあります。副業会社員は特に注意してください。詳細はお住まいの自治体または税務署へご確認ください

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インボイス登録をしている方への注意

• インボイス登録をしている（課税事業者）の場合は、消費税申告が必要になるケースがあります
• freeeでの消費税申告の対応プランについては公式サイトでご確認ください

※ 消費税申告の要否・手順は個人の状況によって異なります。不明な場合は税務署へご確認ください

副業の確定申告が必要かどうか・基本的な流れを知りたい方はこちら

ここまでの5ステップどおりにfreeeで確定申告を進められます。申告の流れが把握できたら、無料トライアルで実際の画面を確認できます。

freee・マネーフォワード・弥生の料金と機能を比較してどのソフトが合うかわかる記事はこちら

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よくある質問（FAQ）

導入前・申告前によくある疑問をまとめました。気になる項目だけ確認してください。

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住民税の設定を間違えてしまった場合は修正できますか？

住民税の設定を誤った場合、修正申告ができるケースがあります。ただし申告後の修正は手続きが必要になるため、申告書作成の最終確認で「住民税・事業税に関する事項」を必ず確認することを強く推奨します。詳細は税務署への確認を推奨します。

会社に副業がバレないための「住民税の普通徴収切り替え手順」を詳しく知りたい方はこちら

副業の住民税 普通徴収とは？【2026年版】特別徴収との違いと選べる条件を解説 – 会社員の副業税金ガイド

源泉徴収票を紛失した場合はどうすればいいですか？

勤務先に再発行を依頼できるケースがあります。再発行の対応が不明な場合は税務署への確認を推奨します。freeeのスマホアプリで撮影して自動入力する機能があるため、手元に届いたら早めに保管しておくことをおすすめします。

freeeで確定申告する際に青色申告は必要ですか？

白色申告でも確定申告は可能です。副業を始めたばかりの方はまず白色申告から始めるのが現実的なケースが多いです。青色申告は節税メリットが大きい反面、事前に開業届・青色申告承認申請書の提出が必要で、電子申告・複式簿記など一定条件を満たす必要があります。所得区分（雑所得・事業所得）によって適用可否が異なるため、不明な場合は税務署への確認を推奨します。

freeeで申告した場合、納付額はいつわかりますか？

申告書作成完了後に税額の計算結果が表示される流れになっています。最終的な税額は提出内容に基づいて確定し、納付額は申告時点で確認できるケースが多いです。具体的な税額の断定はできないため、詳細はfreee公式サイトまたは税務署でご確認ください。

まとめ

freee確定申告まとめ（これだけ見ればOK）

• STEP1：収支データの確認・整理（日常入力が済んでいれば自動反映）
• STEP2：源泉徴収票の入力（年末調整済みでも入力必要。スマホ撮影で入力ミス防止）
• STEP3：各種控除の入力（生命保険料・iDeCo・ふるさと納税を優先確認。ワンストップ特例は無効になるため寄付金控除を改めて入力）
• STEP4：住民税の普通徴収設定（副業会社員の最重要ポイント。必ず確認）
• STEP5：e-Taxで申告・納付（マイナンバーカードのパスワードを事前確認。標準ブラウザを使用）

freeeなら副業会社員の確定申告はこの5ステップどおりに完結できます。住民税の「住民税・事業税に関する事項」の設定と、マイナンバーカードのパスワード確認を特に念入りにおこなってください。申告期限を過ぎた場合でも期限後申告として提出できるケースがあります。不明点は税務署（相談無料）または税理士へ相談することを推奨します。

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freeeならこの5ステップどおりに確定申告まで進められます。今すぐ準備を始められます。